La metodología utilizada combina actividades presenciales y on-line. Las clases presenciales incluyen: simuladores de última generación, sesiones prácticas, discusión de casos clínicos, solución de conflictos y role-playing, entre otras dinámicas de grupo diseñadas según las características del contenido. La estructura del Máster consta de tres módulos comunes (Investigación en la donación, Investigación en el trasplante de órganos, e Investigación en el trasplante de tejidos, células y progenitores hematopoyéticos) y dos de especialización: Investigación (Proyecto y trabajo de investigación) o Profesional (Prácticas Clínicas o de Laboratorio).